在蔬菜生产中重视对有机肥的施用，保证氮、磷、钾和其他营养元素的养分平衡，既可改善土壤结构，增加土壤保水、保肥能力，又能增加土壤中二氧化碳的含量。但如果有机肥施用不当，也会引起黄瓜叶片和番茄叶片的烤叶现象，同时也是污染环境和污染蔬菜的一个主要因素。没有经过腐熟的有机肥中有许多病菌和寄生虫卵，容易导致蔬菜产生病害，也可能会使病害和虫卵污染蔬菜，特别是叶菜，吃后使人生病。通过堆积腐熟发酵，杀死病菌和寄生虫卵，才能施用于蔬菜生产。为了生产安全无污染的蔬菜，避免病菌传播，应施用腐熟的人粪尿及家畜粪便，具体腐熟堆肥时期为1-2个月。特别是生鸡粪肥不经过堆沤，施用会产生蔬菜病害。
